Nemzetközi kovaalga körvizsgálat

A VÖI Klasszikus és Molekuláris Fikológiai Kutatócsoportjának 2 munkatársa részt vett a DNAqua-Net (https://dnaqua.net/) által szervezett kovaalga metabarcoding körmérésen, ahol sikeresen szerepeltek. Az eddigi eredményekről a március 10-11-én megrendezett First DNAQUA International Conference 2021 keretében számolt be a körméréseket vezető laboratórium egyik munkatársa (Vasselon Valentin).
A kovaalgák a vízi ökoszisztémák alapját képező fitoplankton és fitobentosz jelentős csoportját képezik. A vízminősítésben is fontos szerepet töltenek be, mint indikátorok. Ahhoz, hogy pontos képet kapjunk a vizek ökológiai állapotáról a közösséget alkotó fajok pontos meghatározása szükséges, azonban a hagyományos, a kovaváz morfológiai bélyegeinek vizsgálatán alapú módszer sokszor bizonytalanságokkal terhelt. Ezért az utóbbi időben egyre inkább előtérbe kerültek a DNS-alapú módszerek. Ilyen az ún. metabarcoding, melynek során a fajokat a közösségben egy DNS-szakasz a barcode vagy vonalkód régió szekvenciája alapján azonosítjuk. Ehhez a közösségből DNS-t vonunk ki, majd vonalkód régiót polimeráz láncreakcióval (PCR) felszaporítjuk, bázissorrendjüket pedig újgenerációs szekvenálással tárjuk fel. Az így nyert szekvenciákat bioinformatikai elemzés során egy referencia adatbázishoz viszonyítva azonosítjuk a kovaalgákat faji szinten.
Ahhoz, hogy ez a módszer alkalmazható legyen az ökológiai állapotértékelésben, az egyes lépéseket standardizálni, valamint a jelenleg elfogadott és alkalmazott morfológiai vizsgálattal összehasonlítva validálni kell. Ennek érdekében a franciaországi INRAE-UMR CARRTEL intézet kutatói körvizsgálatot indítottak, amiben 17 laboratórium, köztük az ÖK VÖI Klasszikus és Molekuláris Fikológiai Kutatocsoport munkatársai is részt vettek. A körvizsgálat két lépés, a DNS-kivonás és a PCR módszerének laboratóriumok közötti összehasonlítására irányult.